Pepsin, midede bulunan önemli bir enzimdir. Mide özsuyunda yer alan ve proteinli yiyecekleri parçalayarak sindirimi kolaylaştıran kuvvetli enzimlerden biridir. İlk kez 1836 yılında Theodor Schwann tarafından keşfedilmiştir. Pepsin enzimi, yapısı itibariyle karmaşık ve büyük bir moleküldür. Bu enzim, mide duvarında bulunan şef hücreleri tarafından salgılanan pepsinojenin mide özsuyunda bulunan hidroklorik asit ile tepkimeye girmesi sonucu oluşur.

Pepsin enzimi öncelikli olarak mide duvarındaki şef hücreleri tarafından pepsinojen formunda salgılanır. Pepsinojen, pepsinin öncülü olup kendisi sindirim için kayda değer bir etkiye sahip değildir. Pepsinojen, mideye salgılanan hidroklorik asit ile tepkimeye girerek aktif pepsin enzimine dönüşür. Bu mekanizma, pepsinin salgılandığı hücre veya kanal üzerinde olumsuz etkisini azaltmak için geliştirilmiştir. Pepsinin etki gücü, midenin asitlik düzeyi ile doğrudan ilişkilidir.

Pepsin enzimi ticari olarak küçükbaş hayvanların midelerinden elde edilmektedir. Özellikle peynir üretiminde sütün kesilmesini sağlamak amacıyla yaygın olarak kullanılmaktadır. Ham pepsin, deri sanayisinde derilerin üzerindeki tüyleri yok etmekte kullanılır. Ayrıca, sinema, fotoğraf filmleri ve ıskarta filmlerinin üzerindeki jelatin tabakasının ayrılmasında da pepsin kullanılır. Bu sayede alttaki gümüş tabakası geri kazanılabilir. Pepsinden elde edilen pepton, laboratuvarlarda bakteri ve diğer mikroorganizmaların üretimi için kullanılır.

Pepsin enzimi protein yapısında olan bir fermenttir. Direkt olarak sindirim sistemine bir faydası yoktur, ancak mide özsuyunun asidi ile etkileşerek aktif hale gelir ve sindirime katkıda bulunur. Pepsinin etki ettiği proteinler, ortalama olarak yirmi farklı amino asidin birleşmesiyle oluşur. Pepsin, bu bağlardan belirli birkaç amino asidi ayırabilir.

Pepsin enziminin gücü çarpıcıdır; 28,5 gram pepsin, bir saat içinde beş yüz bin litre süt ve kendisinden binlerce kat daha ağır proteinleri sindirme gücüne sahiptir. Bu yüzden ticari amaçlarla geniş ölçüde kullanılmaktadır.